Au cours de l'histoire plus récente, deux autres instances régionales de coopération transfrontalière ont vu le jour dans le bassin lémanique : le Conseil du Léman en 1987 et le Groupement local de coopération transfrontalière du Grand Genève (GLCT Grand Genève) en 2013.
Dans ce contexte, le rôle politique du CRFG sur les sujets majeurs de la coopération transfrontalière dans le cadre de la relation franco-valdo-genevoise dans sa globalité a été affirmé, sur un axe allant de Lyon à Lausanne.
Le Comité régional franco-genevois (CRFG) collabore également avec chacune des deux autres instances. Concrètement, la République française et la Confédération suisse, "dans la continuité de leur action au sein du CRFG", ont le statut de membres associés et sont invitées à participer à leurs réunions et travaux.
Les partenaires du CRFG ne se limitent pas au Grand Genève et au Conseil du Léman. Au fil des années, le CRFG a en effet élargi ses collaborations avec nombre d'autres instances et organismes régionaux.