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Au cours de l'histoire récente, deux instances régionales de coopération transfrontalière ont vu le jour dans le bassin lémanique : le Conseil du Léman, dont l'objectif est de favoriser l'émergence d'une identité lémanique à travers notamment le soutien à des projets transfrontaliers; et le Groupement local de coopération transfrontalière du Grand Genève (GLCT Grand Genève), qui pilote et coordonne les démarches à l'échelle de l'agglomération transfrontalière genevoise en matière d'aménagement du territoire, de mobilité et d'environnement.

Le Comité régional franco-genevois (CRFG) collabore avec chacune d'entre elles. D'un point de vue juridique, la convention signée en 2012 et instituant le GLCT Grand Genève place ce dernier sous l'égide du CRFG. Concrètement, la République française et la Confédération suisse, "dans la continuité de leur action au sein du CRFG", ont le statut de membres associés au GLCT. De même, le secrétariat général du CRFG participe aux travaux du comité technique du Grand Genève.

La réorganisation du CRFG, aboutie en 2015, a redéfini les rôles du CRFG et du GLCT Grand Genève, afin de dynamiser et clarifier le travail de ces instances, et d'éviter les doublons entre les deux structures. Ainsi, il a été réaffirmé, d'un côté le rôle politique du CRFG sur les sujets majeurs de la coopération transfrontalière dans le cadre de la relation franco-valdo-genevoise dans sa globalité et sur un axe allant de Lyon à Lausanne, et de l'autre côté le rôle du GLCT dans les problématiques prioritaires du Grand Genève (aménagement du territoire, mobilité et environnement) et pour la mise en œuvre du projet de territoire au sein du périmètre de l'agglomération transfrontalière.

Un protocole de coopération entre le CRFG et le Conseil du Léman signé en 1994 établit une relation entre ces deux organes, qui sont convenus de se concerter et de collaborer sur tous les projets d'intérêt commun. La réflexion qui a accompagné la réorganisation du CRFG a amené à décider de traiter prioritairement au sein du Conseil du Léman les thématiques "culture" et "jeunesse et sport".

Les partenaires du CRFG ne se limitent pas au Grand Genève et au Conseil du Léman. Au fil des années, le CRFG a en effet élargi ses collaborations avec nombre d'autres instances et organismes régionaux.

Le GLCT du Grand Genève est l'organe de gouvernance du projet d'agglomération franco-valdo-genevois. Cette structure de droit publique suisse, qui dispose de la capacité juridique et de l'autonomie budgétaire, renforce la gouvernance de l’agglomération franco-valdo-genevoise. Le GLCT Grand Genève a notamment pour tâche de concevoir et promouvoir un projet de territoire à l'échelle du Grand Genève, que chacun devra mettre en œuvre selon ses compétences et prérogatives; de suivre et mettre en œuvre le projet d'agglomération dans ses différentes phases, cofinancées régulièrement par la Confédération suisse; de lancer et de coordonner les démarches locales en matière d'aménagement du territoire, de mobilité et d'environnement.

Créé en 1987, le Conseil du Léman réunit les trois cantons suisses (Genève, Valais et Vaud) et les deux départements français (Ain et Haute-Savoie) qui bordent le lac Léman. Son objectif consiste à favoriser l'émergence d'une identité lémanique, à travers notamment des projets transfrontaliers autour du Léman dans les domaines de la jeunesse, de la culture, de l'économie, du tourisme, de la mobilité et de l'environnement.

En 2011, les gouvernements genevois et vaudois ont signé un accord portant sur le développement et la promotion de la Métropole lémanique. Leur objectif est de renforcer le poids de la région à l’échelle nationale et d’en assurer la compétitivité économique en y maintenant une qualité de vie élevée.

Mis sur place au début des années 90 par la Commission européenne pour soutenir les actions de coopération aux frontières internes et externes des Etats membres, le programme Interreg s'est considérablement développé ces dernières années. Arrivé à sa cinquième génération, le programme Interreg France-Suisse 2014-2020 finance les projets transfrontaliers de partenaires français et suisses.

La Mission Opérationnelle Transfrontalière (MOT) a été créée en avril ­1997 par le gouvernement français afin "d’apporter une aide opérationnelle aux porteurs de projets et, plus globalement, aux territoires transfrontaliers". En France, la mise en place d'une stratégie nationale pour le transfrontalier, est un enjeu majeur pour le développement des territoires. La MOT est un outil d'information, d'appui, de formation et de diffusion. Elle possède une vision globale et une approche pragmatique et différenciée des dynamiques à l'œuvre sur les territoires.

La Commission internationale pour la protection des eaux du Léman (CIPEL), organe inter-gouvernemental franco-suisse, contribue depuis 1963 à la coordination de la politique de qualité des eaux à l'échelle du bassin versant lémanique, plus particulièrement entre les départements de l’Ain et de la Haute-Savoie, les cantons de Vaud, du Valais et de Genève.

Installé en 2002 par la République française et la Confédération helvétique, le CCPD franco-suisse a pour missions de favoriser la coopération transfrontalière en matières policière et douanière, de lutter contre les trafics illicites, l’immigration illégale et la délinquance dans la zone frontière, de favoriser les rencontres entre les différents organes de police, et de promouvoir la coopération par le biais de conférences e de visites organisées.

L’Agence régionale de santé (ARS) est en charge des questions de santé sur le territoire de la région. Elle est l’interlocuteur des établissements et structures publics et privés, des professionnels de la santé en établissement ou en ville, du secteur médico-social, des services de l’Etat, des collectivités territoriales, des organismes gestionnaires et des usagers.

Créé en 1963, le Groupement transfrontalier européen (GTE) représente et défend les populations transfrontalières de part et d’autre de la frontière franco-suisse.